Pessoal, como sabemos é complicado administrar uma rede cooporativa e que essa rede fique longe de vírus e afins, minimizar os riscos é o que pode ser feito.
Em uma pesquisa na net encontrei um post do suporte oficial da microsoft que ensina como instalar o removedor de softaware mal-intencionado da microsoft em ambiente corporativo, sem precisar instalar máquina a máquina e também como verificar se já foi feito a verificação de determinado mês, quando necessário apresenta amostras de código.

http://support.microsoft.com/kb/891716/pt-br